Με αμφισβητήσεις και έντονο προβληματισμό αντιμετωπίζεται η προσπάθεια οικονομικής εξυγίανσης του ΟΚΥπΥ, καθώς καταγράφονται σοβαρά ζητήματα στη διαχείριση του προσωπικού, των οικονομικών και των εσωτερικών διαδικασιών του οργανισμού.
Η Ελεγκτική Υπηρεσία εκφράζει ανησυχία για την οικονομική βιωσιμότητα, τονίζοντας ότι ο αριθμός των ασθενών μειώνεται, ενώ οι μισθοί και ο αριθμός του προσωπικού αυξάνονται. Παράλληλα, η διαχείριση των οικονομικών κινήτρων των γιατρών παραμένει αμφιλεγόμενη, με το 70% των πρόσθετων απολαβών να δίνονται χωρίς κριτήρια.
Στο επίκεντρο βρίσκονται και εσωτερικές αδυναμίες, όπως η περίπτωση δύο νοσηλευτών που δεν παρευρίσκονταν στο νοσηλευτήριο αλλά συνέχιζαν να πληρώνονται κανονικά, λαμβάνοντας μόνο ελαφριά ποινή. Επιπλέον, εντοπίστηκαν συμφωνίες με ιδιωτικά πανεπιστήμια για εκπαίδευση φοιτητών, στις οποίες οι γιατροί του ΟΚΥπΥ λαμβάνουν αμοιβές πέραν του κανονικού μισθού τους.
Η διοίκηση του οργανισμού υποστηρίζει ότι γίνονται μεγάλες προσπάθειες, ενώ το Υπουργείο Υγείας προειδοποιεί για επιπτώσεις εάν δεν τηρηθεί το σχέδιο δράσης για την εξυγίανση.